晴朗时节，江户川柯南（高山南配音）和毛利小五郎（小山力也配音）、小兰（山崎和佳奈配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美配音）、阿笠博士（绪方贤一配音）、服部平次（堀川亮配音）以及远山和叶（宫村优子配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量因为鸡汁如我，终于参透了如今的柯南剧场版的意义之所在就是歌颂伟大的爱情！！！就是花式炫技以虐死单身（没人爱的那种）狗！！！不管在沉默的十五分钟里柯南被雪埋多深埋多久，只要小兰一声怒吼柯南君一定能原地满状态复活！！！同理不管远海的侦探里小兰被从多高的位置抛进大海大海呀大海！！！多久只要柯南君一声怒吼再辽阔的海洋都阻止不了爱的传达！！！兰姐姐一定能感应到并实现惊天自救的握拳！！！同理适用的还有本片的其他小情侣例如服部平次远山合叶。如果你还在抱怨现在的剧场版剧情漏洞百出、推理幼稚低能，我只能对你摇摇食指，孩子，憋再单着了，你看你这样连动画片都看不懂了呢